Ο σκοπός του Αθλητικού Τμήματος είναι η ισορροπημένη ανάπτυξη και η καλλιέργεια των ικανοτήτων των μαθητών-αθλητών σε αντικείμενα που σχετίζονται με την άθληση και τον αγωνιστικό αθλητισμό, καθώς επίσης και η ταυτόχρονη παροχή γνώσεων και προετοιμασίας αναφορικά με τις διάφορες εναλλακτικές μελλοντικές επιλογές, πάντοτε σε σχέση με τη σταδιοδρομία των μαθητών.
Επί του παρόντος, τα αθλήματα που προσφέρονται είναι: ποδόσφαιρο, καλαθόσφαιρα, κολύμβηση και υδατοσφαίριση. Το καινοτόμο πρόγραμμα δίνει τη δυνατότητα στους μαθητές-αθλητές να προπονούνται καθημερινά, κατά τις δύο πρώτες διδακτικές περιόδους, σύμφωνα με τις ατομικές τους ανάγκες, υπό την επίβλεψη των προπονητών και των Τεχνικών Συμβούλων. Η άριστη συνεργασία με τα σωματεία, τις ομάδες, τις ακαδημίες και τους ομίλους που ανήκουν οι μαθητές-αθλητές, λειτουργούν καταλυτικά τόσο στη γρήγορη ανταπόκριση των αθλητών στις απαιτήσεις των προπονήσεων, όσο και στη βελτίωση της απόδοσής τους.
Η Αθλητική Ψυχολόγος τους στηρίζει διαρκώς σε προσωπικό επίπεδο, βοηθώντας τους να αναπτύξουν τεχνικές διαχείρισης άγχους πριν ή μετά τον αγώνα, να θέσουν προσωπικούς στόχους και να τους επιτύχουν με συστηματικότητα και μεθοδικότητα.
Η Αθλητική Διατροφολόγος επιβλέπει το πρόγραμμα διατροφής, με στόχο τη βελτίωση της απόδοσής τους και την αποκατάσταση από την έντονη προπόνηση.
Το πρόγραμμα συμπεριλαμβάνει πληθώρα σεμιναρίων και διαλέξεων σε θέματα όπως fair play, αθλητική διατροφή, επίτευξη προσωπικών στόχων, ενώ κάθε μαθητής-αθλητής υφίσταται συστηματικά εργομετρικές εξετάσεις και μετρήσεις για την αξιολόγηση των επιδόσεων, της προόδου και της επίτευξης των στόχων του.
Στο Αθλητικό Τμήμα γίνονται δεκτοί μαθητές που ανήκουν σε προαγωνιστικά ή αγωνιστικά κλιμάκια ομάδων / ακαδημιών / ομίλων / σωματείων. Ισχύουν επιμέρους ή/και διαφοροποιημένα κριτήρια ανάλογα με το άθλημα (π.χ. όρια επίδοσης, συμμετοχή στα επίλεκτα κλιμάκια ανάπτυξης). Επιπλέον, οι αιτήσεις εξετάζονται και με ακαδημαϊκά κριτήρια.